Trong thời gian thị trường tăng của Mỹ những năm 1920, đã có nhiều phương tiện đầu tư tư nhân cho các nhà đầu tư giàu có. Của thời kỳ đó, được biết đến nhiều nhất hiện nay, là Graham-Newman Partnership thành lập bởi Benjamin Graham và Jerry Newman, được trích dẫn bởi Warren Buffett trong một bức thư năm 2006 cho Bảo tàng Tài chính Mỹ, như một quỹ phòng hộ sơ khai.[11]

Nhà báo tài chính Alfred W. Jones được coi là người khởi xướng sử dụng cụm từ "quỹ phòng hộ" [12][13] và được coi một cách sai lầm là người tạo ra cấu trúc quỹ phòng hộ đầu tiên vào năm 1949.[14] Jones gọi quỹ của ông là "được phòng hộ", một thuật ngữ sau đó thường được sử dụng trên phố Wall, để mô tả việc quản lý rủi ro đầu tư do các thay đổi trong thị trường tài chính.[15] Năm 1968 đã có gần 200 quỹ phòng hộ, và quỹ của các quỹ đầu tiên sử dụng các quỹ phòng hộ được tạo ra vào năm 1969 tại Genève.

Trong những năm 1970 các quỹ phòng hộ chuyên tâm trong một chiến lược duy nhất, và hầu hết các nhà quản lý quỹ theo mô hình mua/bán cổ phần. Nhiều quỹ phòng hộ bị đóng cửa trong suy thoái 1969-1970 và sụp đổ thị trường chứng khoán 1973-1974 do thua lỗ nặng nề. Chúng đã nhận được sự chú ý lại vào cuối thập niên 1980.[13] Trong thập niên 1990 số lượng các quỹ phòng hộ tăng đáng kể, được tài trợ với của cải được tạo ra trong sự tăng cao của thị trường chứng khoán thập niên 1990.[12] Lợi ích tăng là do cơ cấu bồi thường bằng lãi suất phù hợp (tức là lợi ích tài chính phổ biến) và hứa hẹn hoàn vốn cao hơn.[16] Qua thập kỷ tiếp theo các chiến lược quỹ phòng hộ được mở rộng bao gồm: chênh lệch tín dụng, nợ khốn cùng, thu nhập cố định, định lượng, và đa chiến lược.[13] Các nhà đầu tư tổ chức của Mỹ như các quỹ lương hưu và quỹ cấp vốn đã bắt đầu phân bổ phần lớn danh mục đầu tư của họ tới các quỹ phòng hộ.

Trong thập kỷ đầu tiên của thế kỷ 21, các quỹ phòng hộ trở nên phổ biến trên toàn thế giới và đến năm 2008, ngành công nghiệp quỹ phòng hộ trên toàn thế giới nắm giữ 1,93 tỷ đô la Mỹ trong tài sản thuộc quyền quản lý (AUM).[17][18] Tuy nhiên, cuộc khủng hoảng tài chính năm 2008 làm cho nhiều quỹ phòng hộ hạn chế nhà đầu tư rút tiền và sự phổ biến cũng như tổng số AUM của chúng đã giảm.[19] Tổng AUM đã hồi phục và trong tháng 4 năm 2011 ước tính đạt gần 2 nghìn tỷ USD.[20][21] Tính đến tháng 2 năm 2011[cập nhật], 61% đầu tư toàn cầu trong các quỹ phòng hộ đến từ các nguồn tổ chức.[22] Đến tháng 6 năm 2011, các quỹ phòng hộ có AUM lớn nhất là Bridgewater Associates (US$58,9 tỉ), Man Group (US$39,2 tỉ), Paulson & Co. (US$35,1 tỉ), Brevan Howard (US$31 tỉ), và Och-Ziff (US$29,4 tỉ).[23] Bridgewater Associates, có 70 tỷ USD thuộc quyền quản lý tính đến ngày 1 tháng 3 năm 2012[cập nhật].[24][25] Vào cuối năm đó, 241 quỹ phòng hộ lớn nhất tại Hoa Kỳ nắm giữ chung 1,335 nghìn tỷ USD.[26] Vào tháng 4 năm 2012, công nghiệp quỹ phòng hộ đạt đỉnh cao kỷ lục 2,13 nghìn tỷ USD tổng tài sản thuộc quyền quản lý.[9]